การแบ่งอาณาจักรของสิ่งมีชีวิตตามจุลชีววิทยา

วิทแทคเกอร์ (Robert H.Whittaker) เสนอให้จัดสิ่งมีชีวิตเป็น 5 อาณาจักร โดยอาศัยลักษณะการได้สารอาหารคือ การสังเคราะห์แสง การดูดซึมอาหารและการกินอาหาร ดังนี้

อาณาจักรโมเนรา (Moneral) ได้แก่ จุลินทรีย์ที่เป็นพวกโพรคาริโอต การได้สารอาหารส่วนใหญ่โดยการดูดซึมอาหาร มีบ้างที่สังเคราะห์แสงได้ ส่วนใหญ่สืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศ

อาณาจักรโพรทิสตา (Protista) ได้แก่ จุลินทรีย์ที่เป็นยูคาริโอตเซลล์เดียว มีวิธีการได้สารอาหารทั้งสามวิธี คือ การสังเคราะห์แสง การดูดซึมอาหาร และการกินอาหาร พวกสาหร่ายขนาดเล็กได้อาหารโดยการสังเคราะห์แสง พวกโพรโทซัวได้อาหารโดยการกิน และโพรทิสต์อื่น บางชนิดได้อาหารโดยการดูดซึม มีบางชนิดที่วิธีการได้อาหารเกี่ยวเนื่องกับการสังเคราะห์แสงและการกิน

อาณาจักรพืช (Plantae) ได้แก่ พืชสีเขียวที่มีหลายเซลล์และสาหร่ายชั้นสูง พืชส่วนใหญ่สังเคราะห์แสงได้เพราะมีคลอโรฟิลล์ มีผนังเซลล์แข็งแรง มีการเปลี่ยนแปลงเนื้อเยื่อให้เป็นราก ลำต้น ใบ มีวงชีวิตซับซ้อน สืบพันธุ์ทั้งแบบอาศัยเพศและไม่อาศัยเพศ

อาณาจักรเห็ดรา (Fungi) ได้แก่ ราชั้นสูงที่มีหลายนิวเคลียส มีผนังเซลล์ และได้อาหารโดยการดูดซึม

อาณาจักรสัตว์ (Animalia) ได้แก่ พวกสัตว์หลายเซลล์ ไม่มีผนังเซลล์ เคลื่อนที่ได้ ดำรงชีวิตโดยการกินอาหาร สืบพันธุ์ได้ทั้งแบบอาศัยเพศและไม่อาศัยเพศ

จุลินทรีย์จึงพบอยู่ในสามอาณาจักร คือ อาณาจักรโมเนรา ( แบคทีเรียและไซแอโนแบคทีเรีย) อาณาจักรโพรทิสตา (สาหร่ายขนาดเล็กและโพรโทซัว) และอาณาจักรเห็ดรา (ยีสและรา)

สำหรับไวรัสและไวรอยด์ มีลักษณะเป็นอนุภาค (particle) ไม่มีลักษณะของเซลล์ จึงไม่สามารถจัดอยู่ใน 5 อาณาจักรที่กล่าวมาแล้ว แต่จัดอยู่ในอาณาจักรไวรา (Vira) ต่างหาก